Psichedelia
Agli inizi della sua carriera di medico, psichiatra e ricercatore sul cervello, il dott. Naranjo si è dedicato all'indagine sugli effetti psicoattivi di varie famiglie di farmaci e di estratti di piante.
Nei primi anni '60 è stato il primo a indagare sugli effetti degli alcaloidi dell'armalina in un contesto urbano. È stato anche il primo a introdurre un forma di "Farmahuasca" nell'uso clinico e ha dimostrato gli effetti psicoattivi dell'10-metoxy-armalene, che all'epoca era stato scoperto come metabolita pineale.
Naranjo è stato anche il primo a descrivere gli effetti allucinogeni dell'ibogaina in alcuni volontari e a intraprendere una sperimentazione clinica dell'estratto di Tabernanthe Iboga.
In collaborazione con Alexander Shulgin, ha condotto una ricerca psicofarmacologica e dei test clinici di numerose fenetilamine, a cominciare dal MDA. Il suo lavoro ha dato come esito la scoperta di un tipo di droga psicoattiva sconosciuta prima, che chiamò "stimolatore di sensazioni", o "ottimizzatore di sensazioni", oggi più comunemente conosciuta come "entactogene" o "empatogene".
La prima relazione de Naranjo sulla ricerca sull'armalina venne presentata alla Kroeber Anthropological Society a Berkeley nel 1965 e poi pubblicato da Michael Harner in Hallucinogens and Shamanism. "The Healing Journey", pubblicato da Pantheon Books nel 1974, descrive le sue indagini cliniche su MDA, MMDA, armalina e ibogaina. Il suo capitolo in Handbook of Altered States of Consciousness di Benjamin Wolman affronta la psichedelia dalla prospettiva di una tassonomia degli stati di coscienza che essa può indurre, e il suo contributo allo Yearbook verte sull'interpretazione dell'esperienza psichedelica alla luce della meditazione. Il suo libro "The Vine of the Dead", che descrive il suo lavoro con la yagé, circola da anni.